ছাদ বাগানের প্রথম শর্ত হচ্ছে, গাছ বাছাই. জেনে, বুঝে, বিশ্বস্ত নার্সারির কাছ থেকে গাছ সংগ্রহ করতে হবে। প্রথমত ছাদে বাগান করার সময় লক্ষ রাখতে হবে যেন গাছটি বড় আকারের না হয় অর্থাৎ ছোট আকারের জাতের গাছ লাগাতে হবে এবং গাছে যেন বেশি ফল ধরে সে জন্য হাইব্রিড জাতের ফলদ গাছ লাগানো যেতে পারে। বেঁটে প্রজাতির অতিদ্রুত বর্ধনশীল ও ফল প্রদানকারী গাছই ছাদ বাগানের জন্য উত্তম। ছাদ বাগান এর ক্ষেত্রে মনে রাখতে হবে বীজের চারা নয়, কলমের চারা লাগালে অতিদ্রুত ফল পাওয়া যায়. আজকাল বিভিন্ন ফলের গুটি কলম, চোখ কলম ও জোড় কলম পাওয়া যাচ্ছে। ছাদ বাগানের জন্য এসব কলমের চারা সংগ্রহ করতে পারলে ভালো হয়।

ক) আম- বারি আম-৩ (আম্রপালি), বাউ আম-২ (সিন্দুরী), আলফানসো আম, কাটিমন থাই বারমাসি আম বেঁটে প্রজাতির বারোমাসি, লতা, ফিলিপাইনের সুপার সুইট, রাঙ্গু আই।

খ) পেয়ারা- বারি পেয়ারা-২, ইপসা পেয়ারা-১, থাই পেয়ারা,
কাঞ্চননগর।

গ) কুল- বাউ কুল-১, ইপসা কুল-১ (আপেল কুল) , থাই কুল-২।

ঘ) লেবু- বারি লেবু -২ ও ৩, বাউ কাগজি লেবু-১, বীজহীন লেবু।

ঙ) আমড়া- বারি আমড়া-১, বাউ আমড়া-১, বারোমাসী আমড়া।

চ) বিদেশি কাঁঠাল (আঠা, ভোতাবিহীন রঙ্গিন জাত যা রোপণের দুই বছর পর ফল দেয়)

ছ) ডালিম- (দেশী উন্নত), পাকিস্তানী আনার।

জ) কমলা ও মাল্টা – বারি কমলা-১, বারি মাল্টা – ১।

ঝ) জামরুল- বাউ জামরুল-১ (নাসপাতি জামরুল), বাউ জামরুল-২ (আপেল জামরুল), থাইল্যান্ডের লাল জামরুল, গ্রিন ড্রপ জামরুল ইত্যাদি।

ঞ) এছাড়া: ইন্ডিয়ান চেরী, থাই ও মিসরীয় ডুমুর, লাল ইক্ষু, ড্রাগন ফল, থাই করমচা, আতা, আঙুর, পেঁপে, ছোট জাতের কলা, বিলিম্বি,কামরাঙা ইত্যাদি।